Der Oberhafen 5+1 e.V ist Betreiber der Gleishalle in Kooperation mit der Hafencity GmbH und eine von den Mieter*innen des Oberhafen gewählte Vertretung. Als übergeordnete Institution schafft sie eine Art Klammer um die Arbeit in den Einzelnen Arbeitsgemeinschaften am Oberhafen, wie der Gleishallen AG und befasst sich mit übergeordneten Fragen des Quartiers. Er übernimmt die Steuerung und Beaufsichtigung der Ausbaumaßnahmen der Gleishalle und die Qualitätssicherung der Nutzung und die kaufmännische Geschäftsführung für die Nutzung des Mietobjekts mit den darin stattfindenden Aktivitäten. Weiter übernimmt der Verein alle erforderlichen organisatorischen Tätigkeiten einschließlich der Abstimmungen mit dem Vermieter Sondervermögen Stadt und Hafen der Freien und Hansestadt Hamburg als Flächeneigentümer sowie mit Veranstalter:innen, Anlieger:innen, Nutzer:innen und Fördermittelgeber:innen. Vertreten wird der Oberhafen 5+1 durch den Vorstand und die Mitglieder der AG Gleishalle.

Die AG Gleishalle, bestehend aus am Projekt Gleishalle beteiligten Personen, trifft sich wöchentlich öffentlich und bespricht alle für das Projekt wichtigen Fragen. Jede:r Nutzer:in im Oberhafen kann teilnehmen. Gäste sind jederzeit willkommen.

Das Kuratorium, das sich aus 3 – 5 Nutzer:innen im Oberhafen zusammensetzt, wählt die Testfeldnutzungen und Veranstaltungen in der Gleishalle gemäß dem Projektzweck aus.